组合贷款提前还款，公积金的贷款的优势在于贷款的利率很低，比银行贷款的利率还要低；而商业贷款的优势在于贷款形式和金额都相对比较自由，一般作为补充公积金贷款不足的部分而使用。
如果先还清公积金贷款，那么就意味着现在这套房子跟公积金贷款划清了关系，如果之后还有买房的需要，尽管商业贷款还没还清，但是因为公积金贷款是还清的，新买的这套房仍然是按首套房来算的。这种做法是有二次买房打算的人最佳的选择，要知道被认定为二套房的话各方面对自己来说都会很麻烦。
如果先还清商业贷款部分，那么就只剩下公积金贷款部分了。公积金贷款一开始就说过，利率低所以最后的利息就相对要少，利率比较高的商业贷款部分已经还清了，相对产生的利息自然也就少了不少。
但是有些城市规定，申请组合贷款的人在提前还款时，公积金贷款和商业贷款必须保持一定的比例，不可以只还其中的一种，这样一来，想提前偿还商业贷款是不可能了，并且多数城市都是规定提取公积金余额还贷必须优先偿还公积金贷款，要是不用公积金账户的钱，用自己的存款提前还款，就可以选择优先偿还商业贷款。