融资融券操作规则主要有以下三种规则：
一、融资融券保证金规则
融资融券是一种交纳保证金的证券交易，而且不只交纳初期保证金，还有后期的维持保证金，这些规则都是券商为了降低市场风险而出台的，明了的说，就是券商为了保护自身利益的一种做法。我们知道，无论是融资融券还是普通的证券交易都是一种信用交易，所以券商在解释交纳维持保证金时，说是为了防止在交易过程中标的物价的变动，可能会增加交易中的授信风险。不管怎么说，这种做法也是应该的，不然的话，整个交易很可能会陷入混乱状态，甚至成为某些投机分子赚取暴利的手段。
我国上交所和深交所在融资融券交易规则中明确指出了初期保证金和维持保证金的比例，初期保证金的比例不低于50%，意思就是如果想在交易中融得100万资金，那么初期保证金最低50万。维持保证金担保比例不得低于130%，意思就是如果交易中要想融得100万资金，那么融得资金后手中的总资产不能低于130万。这相当于在初期保证金的基础上又附加了一项条件。
二、融资融券裸卖空规则
一般情况下，融资融券交易是交纳一定保证金后，可以持有相应的资金或证券进行证券交易，如果遇到证券价格上涨或下跌，可以融得一定资金或证券买进低价的和卖出高价的证券。前者即融资，后者即融券。融资融券交易并不是只能用这种方式进行操作，还有一种叫做裸卖空，裸卖空是在交纳一定保证金后，手中不持有资金或证券，当证券达到交易价格后，直接借入证券卖出，前提这种交易方式采用的是T+3的交割制度。这是典型的卖空交易。如果在规定的期限内，没有及时借入证券交付给买入者，则表明交易失败，但失败不违法，可以继续进行下去，直到交割完成。
当然，裸卖空的风险非常大，并且有可能严重的操纵股价。美国现在已经严禁此种做法，我国虽然没有禁止，不过也有严格的规定，就是卖出的证券数量不得超出自己信用证券账户中的数量。
三、融资融券报升规则
报升规则是指证券卖空的价格不得低于最新的成交价，为了防止市场疲软时空头可能会趁机打压导致价格暴跌。这种规则起源于美国，当初金融危机爆发时，为了防止卖空者打压价格而规定的，美国在2005年取消了此种制度，后来金融危机动荡过去之后，也没有恢复这种交易制度，我国香港和美国情况差不多，也取消了这种交易规则。我国内地至今还采用者这种报升规则，目的是为了在推行融资融券交易的初期，对卖空投机者进行有力的规范。