重庆医保一档二档主要区别在于两点，一是有无个人账户，二是特病报销病种不同。
一、有无个人账户
一档参保人员缴纳的医疗保险费，全部用于建立医疗保险统筹基金，不建立个人账户；二档参保人员缴纳的医疗保险费，部分用于建立医疗保险统筹基金，建立个人账户，个人账户资金以本人缴费基数为基数，按以下比例划入：
1、不满35周岁的人员，划入比例为3.3%；
2、满35周岁至不满45周岁的人员，划入比例为3.5%；
3、满45周岁至未退休的人员，划入比例为3.7%；
4、退休人员缴费期内划入比例为4%，缴费期满后划入比例为上年度本市城镇经济单位职工年平均工资的60%的4%。
二、诊病范围不同
二档比一档的门诊特病范围广，一档仅只能享受4种特病待遇，如恶性肿瘤放疗、化疗、镇痛治疗；肾功能衰竭病人的透析治疗；肾移植后抗排异治疗；血友病等。二档却可以享受20种特病待遇。